Lahirnya UU No 12/2012 tentang Perguruan Tinggi menjadi pijakan dasar bagi Perguruan Tinggi Negeri eks-BHMN untuk beralih status menjadi PTN Badan Hukum, termasuk yang telah berubah menjadi perguruan tinggi yang diselenggarakan pemerintah.
PTN-BH merujuk pada pasal 25 butir 4 PP no. 4 tahun 2014, PTN-BH berwenang menetapkan, mengangkat, membina dan memberhentikan tenaga tetap Non-PNS. Selain itu, Sejak dibentuknya Undang-Undang No 12/2012 tentang Pendidikan Tinggi (UU Dikti) memberikan kewenangan pada PTN-BH untuk melakukan pengelolaan kelembagaan secara mandiri yang tidak hanya pada otonomi akademik melainkan juga pada otonomi non-akademik, termasuk otonomi pengelolaan keuangan.
PTN-BH merupakan pengembangan bentuk perguruan tinggi negeri dari BHMN sesuai dengan Undang-Undang No 9/2009 tentang Badan Hukum Pendidikan.
UU tersebut kemudian dibatalkan oleh Putusan Mahkamah Konstitusi (MK) No 11-14-21-126-136/PUU-VII/2009 tanggal 31 Maret 2010, yang membuat pemerintah mengeluarkan Peraturan Pemerintah (PP) No 66/2010 yang mengembalikan status perguruan tinggi BHMN menjadi perguruan tinggi yang diselenggarakan oleh pemerintah.
PTN Badan Hukum menetapkan tarif biaya pendidikan berdasarkan pedoman teknis penetapan tarif yang ditetapkan menteri. Dalam penetapan tarif, PTN Badan Hukum wajib berkonsultasi dengan menteri.
Tarif biaya pendidikan ditetapkan dengan mempertimbangkan kemampuan ekonomi mahasiswa, orang tua mahasiswa, atau pihak lain yang membiayai mahasiswa. Pendapatan PTN Badan Hukum bukan merupakan PNBP (Penerimaan Negara Bukan Pajak).
Dari segi aset, aset yang diperoleh dari usaha PTN-BH menjadi aset PTN-BH yang merupakan aset negara yang dipisahkan, sementara aset berupa tanah yang berada dalam penguasaan PTN-BH yang diperoleh dari APBN merupakan barang milik negara.
Setahun setelah UU disahkan, permasalahan status PTN eks-BHMN menjadi selesai dengan dikeluarkannya PP sebagai berikut:
1. Institut Teknologi Bandung (ITB), Bandung berdasarkan PP No 65/2013.
2. Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta berdasarkan PP No 67/2013.
3. Institut Pertanian Bogor (IPB), Bogor berdasarkan PP No 66/2013.
4. Universitas Indonesia (UI), Depok berdasarkan PP No 68/2013.
5. Universitas Pendidikan Indonesia (UPI), Bandung berdasarkan PP Nomor 15/2014.
6. Universitas Sumatera Utara (USU), Medan berdasarkan PP No 16/2014.
7. Universitas Airlangga (Unair), Surabaya berdasarkan PP No 30/2014.
8. Universitas Padjadjaran (Unpad), Bandung berdasarkan PP No 80/2014.
9. Universitas Diponegoro (Undip), Semarang berdasarkan PP No 81/2014.
10. Universitas Hasanuddin, Makassar berdasarkan PP No 82/2014.
11. Institut Teknologi Sepuluh November, Surabaya berdasarkan PP No 83/2014.
12. Universitas Sebelas Maret, Surakarta berdasarkan PP No 56/2020.[6]
13. Universitas Andalas, Padang berdasarkan PP No 95/2021.[7]
14. Universitas Brawijaya, Malang berdasarkan PP No 108/2021.[8]
15. Universitas Negeri Padang, Padang berdasarkan PP No 114/2021.[9]
16. Universitas Negeri Malang, Malang berdasarkan PP No 115/2021 [10]
17. Universitas Negeri Yogyakarta, Yogyakarta berdasarkan PP No 35/2022.
18. Universitas Negeri Semarang, Semarang berdasarkan PP No 36/2022
19. Universitas Negeri Surabaya, Surabaya berdasarkan PP No 37/2022.
20. Universitas Syiah Kuala, Banda Aceh berdasarkan PP No 38/2022
21. Universitas Terbuka, Banten berdasarkan PP No 39/2022.
