Ketiga, Kepmen tersebut, lebih besar mengakomodir kepentingan asing dengan sistem kuota dan pasca bayar. Pelaku usaha dan pemilik kapal sangat berat membayar 200 – 500 miliyar sebagai jaminan PNBP PHP yang dibayarkan diawal saat persetujuan mendapatkan kuota yang di tentukan oleh menteri. Sehingga perlu modifikasi angka perhitungan PNBP PHP berbasis revenue (struktur biaya) dan WTP, datanya diperoleh dari hasil survey. Kedepan, pembayaran PNBP PHP di dasarkan pada kemampuan / kemauan wajib bayar dengan tetap pertimbangkan tingkat keuntungan yang diperoleh pelaku usaha.
Keempat, terdapatnya ketimpangan dan potensi kerugian negara dari mekanisme penarikan PNBP dan penentuan perusahaan investasi oleh tim beauty contest yang belum transparan (sumber analisis pada Kepmen 9 tahun 2021). Karena metode penentuan dari hulu ke hilir tidak dijelaskan dalam regulasi, misalnya dana jaminan 200 – 500 miliar siapa yang menjamin keberadaan dan dipastikan transparan dan akuntabilitas (tanggung jawab) terbuka dan jujur.
Menurut Hendra Sugandi (detikNews, 2019) bahwa ketimpangan PNBP memicu ambisi KKP untuk terus tingkatkan kenaikan PNBP dengan berbagai cara, termasuk memaksa pelaku usaha untuk mengisi Laporan Kegiatan Usaha (LKU) setiap kapal per tahun dan Laporan Kegiatan Penangkapan (LKP) setiap kapal per triwulan dengan jumlah hasil tangkapan dipaksakan hingga 120% dari kapasitas gross tonnage kapal. Jika dalam LKU LKP jumlah hasil tangkapan diisi kurang dari 120% dikali rumus tetap yang telah ditentukan oleh KKP, maka Surat Izin Penangkapan Ikan (SIPI) tidak akan diterbitkan. Artinya ada pemaksaan sepihak dari otoritas untuk menaikkan jumlah hasil tangkapan walaupun tidak sesuai dengan data jumlah hasil tangkapan yang aktual.
Kelima, berdasarkan hasil survey terhadap responden pelaku usaha penangkapan ikan dibanyak Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Pengambengan Bali dan Pelabuhan Benoa Bali, bahwa tata kelola masih perlu diperbaiki dan kelengkapan infrastruktur belum memadai. Tentu, menjadi tantangan dalam optimalisasi PNBP – PHP, sesuai besaran indeks produktivitas kapal, termasuk komposisi hasil tangkapan dan penetapan volume hasil tangkapan.
Pemungutan dan pembayaran PHP sistem kuota, pasca bayar dan pasca produksi di lihat dari harga patokan ikan sangat sulit bagi kebanyakan pengusaha perikanan: koperasi, badan usaha, industri olahan yang memiliki armada kapal. Ternyata, dilapangan dan beberapa pelabuhan perikanan mengalami kendala proses pengurusan perijinan (SIPI) dan surat lainnya sehingga banyak kapal – kapal tidak beroperasi.
